De E-Flux backoffice genereert een self-billing invoice vanuit de werknemer richting E-Flux. Een werknemer kan als privé persoon geen BTW in rekening brengen. De werkgever wordt op zijn beurt het bedrag incl. BTW in rekening gebracht waarna het BTW bedrag teruggevorderd kan worden van de belastingdienst via de omzetbelasting. Hierdoor zijn de bedragen die uitgekeerd worden aan de werknemer en werkgever ook in balans.